Pierwsze wzmianki o chorobie z charakterystycznymi objawami endometriozy i opisem jej leczenia znajdują się w egipskich papirusach Eberta. Istnieje wiele teorii wyjaśniających przyczyny tej dolegliwości, jednak żadna z nich nie oddaje w pełni mechanizmu jej rozwoju, różnorodności form jej manifestacji.

Endometrioza to patologiczny proces łagodnego wzrostu różnych tkanek narządów, podobny pod względem składu i funkcji do endometrium, wewnętrznej wyściółki macicy, która odrywa się podczas menstruacji i jest usuwana wraz z krwią.

Narośla endometriotyczne ulegają cyklicznym przemianom, mają zdolność przenikania do otaczających tkanek i wywoływania procesów dorosłych na dużą skalę.

Obecnie przyczynę endometriozy tłumaczy się predyspozycjami genetycznymi, teorią hormonalnego rozwoju choroby, według której pojawienie się endometriozy wiąże się z zaburzeniem ilości i stosunku hormonów w organizmie kobiety. Potwierdzają to stwierdzone zmiany w ogniskach endometriozy w trakcie cyklu miesiączkowego oraz odwrotny przebieg rozwoju choroby w czasie ciąży i po menopauzie.

Teoria implantacji przewiduje, że oddzielone cząsteczki endometrium osadzają się na jajnikach, jajowodach, otrzewnej i inicjują rozwój choroby.

Najważniejsze są jednak negatywne zmiany w układzie neuroendokrynnym na skutek stresu, nieprawidłowego odżywiania, ogólnych chorób somatycznych, zaburzeń funkcji gruczołów wydzielania wewnętrznego, infekcji narządów płciowych.

W zależności od lokalizacji procesu wyróżnia się endometriozę narządów płciowych i zewnątrzgenitalną (zlokalizowaną poza narządami płciowymi).

Narządy płciowe z kolei dzielą się na wewnętrzne (uszkodzenie trzonu macicy) i zewnętrzne (uszkodzenia szyjki macicy, pochwy, jajników, jajowodów, otrzewnej miednicy itp.).

Z reguły endometrioza ma postać ognisk (guzek, gniazd) (okrągłych, owalnych i nieregularnych kształtów), które są oddzielne lub łączą się z innymi tkankami małych narządów, w których jamach znajduje się ciemna, gęsta lub przezroczysta ciecz.

Formacje endometrium mogą składać się z wielu małych torbielowatych jam (struktura komórkowa) lub nabrać charakteru torbieli (na przykład endometriotycznej torbieli jajnika).